無料版とPro版は別々のプラグインなので、Pro版を有効化する前に無料版を無効化する必要があります。以下の手順で設定を維持することができます:
1) 無料版のアクティベーションを解除する
2) プロ版をインストールしてアクティベートする
3) 無料版を削除する
または、プラグインのカスタマイズページのMiscタブの下にあるPreserve settings when plugin is removedをチェックすることもできます。
どちらの方法でも、無料版からプロ版に設定を引き継ぐことができます。